...У последњој години свог живота, отац Јован је често и тешко боловао. „Моја физичка снага је исцрпљена“, написао је у свом дневнику, „али мој дух је крепак и гори љубављу према мом вољеном Женику — Господу Исусу Христу...

Желим да видим Вечну Доброту, Светлост, Лепоту, бесконачну Мудрост и Силу која је створила све ствари, одржава све ствари и управља свим стварима, али... нисам спреман, нисам чистог срца...“

9. децембра 1908. године, отац Јован је служио своју последњу Литургију у храму Светог Андреја.

 Од тог дана је постао веома слаб и престао је да излази из куће.

 Али свештеник му је свакодневно долазио са Светим Даровима и давао Свето Причешће, и отац Јован је налазио велику утеху у овом сједињењу са Господом.

...Стигла су последња три дана земаљског живота оца Јована.

Седамнаестог децембра изразио је жељу за свежим ваздухом и повели су га у вожњу по граду у кочији.

Управо током те шетње отац Јован се прехладио и његова болест се погоршала.

Те вечери, игуманија Ангелина, игуманија манастира Светог Јована у Санкт Петербургу, дошла је да га посети.

 „Који је данас датум?“, упитао ју је отац Јован.

 „Седамнаести“, одговорила је.

 „То значи још три дана“, рекао је отац Јован, као за себе.

 Игуманија му је пренела жељу сестара да их посети на Божић, одслужи Литургију и причести их.

 „Доћи ћу, доћи ћу“, одговорио је, „али нећу моћи да вас причестим. Чекају ме и у Светом синоду. Бићу у пролазу.“

Следећег дана, отац Јован се осећао веома слабо, и следећег дана, ујутру 19. децембра, више није био у стању да изађе у сусрет свештенику са Светим Даровима, као што је то до тада чинио, већ је примио само Свету Крв.

Читавог тог дана, отац Јован је изгледао као да је у забуни, седећи у столици затворених очију.

Повремено су се чули јауци, који су одавали његову патњу.

Међутим, његова свест је остала бистра до краја.

Отац Јован је дао своја последња упутства 19. децембра у осам сати увече.

Игуманија Ангелина је затражила његов благослов за освећење манастирске гробне цркве, која је одавно била спремна, али још није била освећена.

На ово питање, отац Јован је одговорио:

„Да, да, освећите је“, и подигао руку у знак благослова.

Примивши благослов, игуманија је отишла да нареди освећење.

На захтев остареле и болесне супруге оца Јована, Јелисавете Константиновне, у стану оца Јована преко ноћи су остали само свештеник Јован Орнацки и Руфина Григоријевна Шемјакина, његови рођаци, заједно са очевим слугама, који су остали са њим целе ноћи.

Али нису могли да ублаже његове патње.

Отац Јован је упорно одбијао сваку медицинску помоћ и, после осам сати увече, само два пута је пристао да прими неколико капи свете воде.

У десет сати, отац Јован је изразио жељу да устане са столице.

Подигли су га и положили на кревет, али после неколико минута је поново желео да устане и остао је у столици до један сат ујутру, у истом положају као и пре.

Где су у овом тренутку биле мисли страдалног пастира?

Вероватно се последњи пут молио умном молитвом којој је толико волео да се препушта када се, исцрпљен радним даном, враћао у Кронштат са брода или воза.

 Усред ноћи, отац Јован, дрхтавом руком, дао је знак да устане.

Поново су га подигли, али овог пута, међутим, ноге су му отказале.

 Вратили су га у кревет.

Истовремено, видевши његово тешко стање, наредили су да се Света литургија служи раније него обично.

Литургија је почела око три сата ујутру, а до четири сата, свештеник Јован Аржановски, који је замењивао болесног духовног оца оца Јована, и свештеник саборног храма Николај Петровски, стигли су са Светим Даровима.

Отац Јован је последњи пут причестио Светом Крвљу.

Након причешћа, обрисао је усне и остао потпуно миран неко време, а затим је изговорио последње речи:

„Загушљиво ми је, загушљиво ми је.“

 Дао је знак да се ослободи вишка одеће, јер је носио топлу мантију.

Његова молба је услишена.

Убрзо је отац пао у несвест.

Дисање му је било мирно, али је постајало све тише и тише.

Свештеник Јован Орнацки је почео да чита канон за испраћај душе, а затим и обред за умирућег.

Када је завршио са читањем и пришао уз постељу умирућег, отац је лежао непомично са рукама склопљеним на грудима.

Његови последњи даси били су једва чујни, и велики пастир је мирно предао своју душу Богу.

Његове очи, које су до тада остале затворене, отвориле су се на тренутак, и из њих су потекле две сузе, бистре као кристал.

То су биле последње сузе великог човека молитве и страдања.

 Његова праведна душа је успешно завршила школу земаљског постојања, понела тешки, спасоносни крст, издржала борбу, одржала се до победе и прешла у други свет, где нема болести, нема туге, нема уздисаја, већ вечни живот.

Сузе и јецаји су нехотице измицали сведоцима ове тајне.

 Било је 7:40 ујутру 20. децембра 1908. године.

Свети праведник је, у складу са својом последњом вољом, сахрањен у манастиру Светог Јована у Санкт Петербургу.