Идеја о оснивању Православног богословског факултета који би деловао у саставу Универзитета први пут је у српској јавности изнета још 1860. године. Први пројекат наставног плана овог факултета утврђен је 1870. године. Међутим, како је целокупан пројекат оснивања Универзитета због низа неповољних околности био на дуже време осујећен, Православни богословски факултет основан је, заједно са још четири високошколске установе (Филозофски, Правни, Медицински и Технички факултет) тек 1905. године, када је, 27. фебруара, донет Закон о Универзитету.

Као допуна Закону донета је 1. октобра исте године и Општа уредба Универзитета, којом су били регулисани, између осталог, и режими студија на сваком појединачном факултету. Ипак, због недостатка квалификованих наставника и неповољних историјских околности Православни богословски факултет сачекаће још 15 година да би 1920. започео свој наставни и научни рад.

Убрзо по укључивању у састав Универзитета, већ 1923. и 1924. године, отпочињу жучне полемике о томе да ли нам је као народу и Цркви потребан секуларни факултет за изучавање теологије и других наука или висока школа за припремање кандидата за службу клира, које ће потрајати још деценију и по. Неки виђени архијереји  Српске Цркве (патријарх Варнава Росић, епископ охридско-битиљски др Николај Велимировић, епископ бачки др Иринеј Ћирић) заговарали су идеју о оснивању посебних духовних академија које би образовале свештенство и монаштво, чему се приклонио и Свети архијерјски сабор 1933. Смрћу патријарха Варнаве и потоњим историјским дешавањима ова идеја није реализована.

Иако је првих неколико година после грађанског рата и револуције Факултет званично третиран као део Универзитета, налазећи се под управом државних органа и добијајући средства за рад из буџета НР Србије, у многим питањима био је запостављен и маргинализован због идеолошке неподобности. Фебруара 1952. Влада Србије донела је решење којим је Богословски факултет у Београду укинут као државна установа, издвојен из Београдског универзитета и припојен Српској Православној Цркви. Под окриљем Цркве Факултет почиње са радом 6. октобра 1952. године. Наредне 52 године Факултет ће деловати у оскудици, његови професори и студенти систематски ће бити праћени и саслушавани од органа државне безбедности, дипломе које је Факултет издавао држава није признавала, а студенти нису имали никаква права и повластице везане за студентски стандард (ставновање, повлашћену исхрану, превоз).

Одлуком Владе Републике Србије којом је решење о ликвидацији Православног богословског факултета проглашено нелегитимним и анулирано, од 1. јануара 2004. године Факултет је поново враћен у састав Београдског универзитета, с тим што је Факултет де јуре остао у духовном и канонском окриљу Српске Православне Цркве. А како су се ствари одвијале де факто – читалац ће закључити сам.

Први кораци тадашњег декана протојереја др Владана Перишића,  својевремено марксисте, били су усмерени на кидање било каквих веза са Патријаршијом и са јерархијом Цркве. Патријарх Павле неколико је пута долазио на факултетске славе и служио у параклису, али његово присуство у згради није обавезивало ни декана ни особље факултета, тако да је смирени Патријарх, пошто је једном доживео да после службе остане потпуно сам, осетио да је сувишан и тихо се удаљио. Његова нога ту више није крочила.

Уследили су брутални обрачуни унутар колектива. Прва жртва био је протојереј-ставрофор др Димитрије Калезић, који jе насилно, пре навршења пуног пензијског стажа, отеран у мировину, како би се створило место за долазак др Богољуба Шијаковића са Филозофског факултета у Никшићу,  који је академску каријеру започео као асистент за Марксизам  (наравно, он је, користећи „рупе у закону“, наставио да на оба радна места ради са пуним радним временом и са одговарајућим принадлежностима). За саму наставу Шијаковић није учинио ништа – његово је било да преко политичких утицаја и места савезног, а касније и републичког министра вера  обезбеђује средства Којима Треба, па и Факултету, од којих је један део, наравно, завршавао и у његовом џепу. Незадовољство дистрибуцијом тих средстава и коштало га је министарске фотеље, али ни за једну своју злоупотребу, посебно скандал у вези са доделом стана од 120 квадрата у  ужем центру Београда (стан је на располагање Факултету ставила Општина Палилула), није одговарао. Позитивним учинком Шијаковића може се сматрати оснивање Института за теолошка истраживања, издавачке куће Богословског факултета (2008), с тим што су критеријуми доношења и реализовања издавачких планова остали енигма.

И Митрополит Амфилохије им  је засметао, без обзира што је једна од перјаница новотарства. Иако је Закон о Универзитету давао могућност редовним професорима после навршених 65 година живота да остану у настави и као ментори, односно чланови комисија, још две године, њему та могућност није понуђена. Уручен му је акт из Правне службе о пензионисању, а претходно му није наговештено шта му се спрема. Наредних дана и месеци Митрополит је био у шоку: зар од својих бивших ученика, па и од тог Владана Перишића кога је својевремено рукоположио за свештеника да добије такав нож у леђа? Годинама није желео да се појави у згради Факултета – рана је била предубока, а безочност несместива у било какве категорије цивилизованог, па и психички здравог понашања. Наравно, он је морао да зна – што сејеш, то ти и никне. Какву си дружину скупио, с таквом идеш у борбу.

Најбруталнији је био обрачун са Предрагом Миодрагом, наставником и најбољим познаваоцем црквеног појања, који је ту радио 25 година. За његово радно место није било неопходно имати титулу доктора наука – било је довољно да буде изабран у звање наставика вештина (што црквено појање и јесте). Понуђено му је, после 25 година рада, да буде асистент приправник или асистент. Миодраг ипак пристаје на ово; реферат за избор је написан, потписан од три члана комисије, од којих је један био са Факултета музичке уметности, али при тајном гласању (специјалитет куће – тајни избори у звања) није био изабран, тако да се нашао на улици. Како би се избегле евентуалне непријатности са Миодрагом у случају жалбе или спора, са Јупитера је пала замисао да се тај предмет хитно преименује у Музикологију (упућени знају да је то дисциплина чији је предмет проучавања историја музике) и да се инсистира на томе да је мора предавати лице у статусу доцента, ванредног или редовног професора. Пошто таквога није било, документа је потписивао ванредни професор Литургике, а наставу држао асистент који је био флексибилнији и еластичнији за спровођење замисли о доминацији лажновизантијског (у ствари новогрчког) појања на Факултету.

Слична је била и судбина епископа хвостанског Атанасија Раките, који је на Факултету годинама предавао Патрологију. Нажалост, каснећи са роком за одбрану докторске тезе, епископ Атанасије начинио је грешку која га је скупо стајала – покушао је да пријави другу тему, што му није усвојено, и тако се он као асистент нашао у вакууму. Понуђено му је да сам поднесе оставку, како у епископској биографији не би писало да је добио отказ, на шта је владика Атанасије достојанствено одговорио да такав податак и треба да се нађе у биографији једног епископа као документ о једном времену и једном стању духова. Отказ му је убрзо уручен, а на његово место дошао је нико други до фамозни декан Владан Перишић, филозоф без дана институционалног богословског образовања, да би преузео и упропастио предавања из једне од најважнијих теолошких дисциплина (раније је предавао Антропологију, а нешто касније измислио је и Теолошку епистемологију како би могао бити биран у звање редовног професора без сагласности Катедре за филозофију Филозофског факултета). Наравно, морао је имати компензацију за неуспех у својој струци (између осталог, као хонорарни наставник на београдском Филозофском факултету својим понашањем и односом према наставним обавезама изазвао је одијум колектива и већ после две године, и поред кумовских веза са тадашњим деканом др Живаном Лазовићем и управником Катедре за филозофију др Милошем Арсенијевићем  ускраћена му је могућност даљег хонорарног ангажовања).

Било је још случајева кадровског обрачунавања на факултету који је и иначе преслаб по компетенцијама наставника, а пријем нових асистената и доцената ишао је по принципу лојалности, веома ретко по реалним квалитетима. Многи изванредни студенти нису овде добили шансу, па су се отиснули у бели свет или у потпуно друге воде (један студент генерације, згрожен оним што је доживео, тренутно ради као обућар, а просечни студенти масовно дају изјаве да је требало да своје контакте са Црквом ограниче на посећивање служби Божијих, без икаквог упуштања у теологију и блиске сусрете треће врсте са злим ванземаљцима који је овде и сада представљају).

Није тешко прогнозирати будућност Богословског факултета. Упис привлачи све мање младих људи, у питању су углавном ученици богословија и средњих стручних школа, без нивоа аспирације потребног за студирање, али и за касније предано обављање свештеничке и вероучитељске службе. Додуше, перспективе веронауке у Србији све су неизвесније (у Министарству просвете заговара се њено укидање или драстично смањење заступљености већ од 2016). Оно што је најтужније јесте да младе душе које су жедне Бога, Бога живога овде не наилазе ни на  елементарну људскост, а о квалитету богословског образовања и васпитања у побожности и врлини, чини се, сувише је и говорити.